Existen cinco finales diferentes, y que veas uno u otro dependerá del grado de afinidad que tengas con Helena al terminar el juego.
Las diferencias entre los distintos finales no se limitan a las secuencias finales, sino que además alargan o acortan el juego debido a que se producen en momentos distintos.
Los finales están diferenciados por letras, y de peor a mejor son: D, C, B, A y S.

Final D: Cadena rota.
Necesitas tener un nivel de afinidad con Helena inferior a 2, y transcurre en el Observatorio, después de darle a Helena la novena Carne de amo que hayas obtenido (puede ser el de una torre u otra dependiendo del orden que hayas seguido).

Final C: Seguimos juntos.
Necesitas tener un nivel de afinidad con Helena de entre 2 y 3, y transcurre en el patio del Observatorio, después de derrotar allí al Proyecto Zero.

Final B: Todo por ti.
Necesitas tener un nivel de afinidad con Helena de entre 4 y 5, y transcurre en lo alto de La Columna, tras derrotar allí al Proyecto Zero.

Final A: Juntos siempre.
Necesitas tener un nivel de afinidad con Helena de entre 6 y 7, y transcurre en lo alto de La Columna, después de derrotar allí al Proyecto Zero.

Final S: Vínculo eterno.
Necesitas tener un nivel de afinidad con Helena de entre 8 y 10, y transcurre en lo alto de La Columna, tras derrotar allí al Proyecto Zero y a la enorme bestia que aparecerá a continuación: Zeron.

Al acabar el juego en los niveles B, A o S verás el final correspondiente y luego los títulos de crédito y, cuando terminen, tendrás la opción de guardar la partida. Si luego vuelves a cargarla verás opciones nuevas que antes no estaban, ya que ahora podrás seleccionar capítulo conservando todos tus objetos, niveles y experiencia. De esa manera, podrás volver a comenzar el juego desde el inicio, tras la Torre Férrea (T. 6), tras la Torre Áurea (T. 11) o tras las Torres del Alba y del Ocaso (T. 13).

También tendrás la opción de volver a ver aquellos finales que hayas desbloqueado.

Además, se desbloquearán nuevos acontecimientos y objetos. Por ejemplo, si regresas al juego en el capítulo que sea y hablas con Mavda podrás comprar artículos nuevos en su tienda, entre los cuales hallarás la Llave escarlata para abrir las puertas rojas de las torres (además te dará el archivo "Pareja bendita").

También podrás encontrar archivos nuevos, tanto en la zona de los aposentos como en el sótano (eligiendo capítulo, no cargando la partida normalmente): "Reinos enemigos 1", "Sin cambios", "Una fórmula mágica", "El poder del ejército", "La guerra" y "Experimento: éxito", "Tras la Unificación", "Antes de la Unificación", "Sin mejora alguna", "Sagradas escrituras", "Planes para el futuro", "Texto curioso", "Reinos enemigos 2", "Mi futura familia" y una "Nota antigua ilegible" y un "Texto antiguo ilegible" que luego podrás llevar a Helena para que te los traduzca y se conviertan en los archivos "Unir el reino" y "Sobre los testamentos" respectivamente.

Otra cosa que podrás hacer es darle a Helena el fragmento de madera vieja obtenido en La Columna para subir dos niveles de afinidad de un plumazo.

Nota. La mejor táctica para ver todos los finales es acabar el juego por primera vez con un nivel de afinidad bastante alto (alrededor de 8). Luego selecciona el capítulo correspondiente al final que quieras ver y baja la afinidad con Helena hasta el nivel requerido a base de regalarla cosas desagradables (huesos grandes, semillas raras, cuero duro, dientes de bestia, fluidos corporales, etc.), ya que es mucho más fácil hacer bajar la afinidad que subirla.