En total hay 10 misterios que van apareciendo durante la aventura. Los irás resolviendo según avanzas en el juego.

| Misterio | Aparece | Se resuelve | |
| 01 | La carta del futuro | Introducción | Episodio 2, al hablar con Luke en el casino. |
| 02 | El primer ministro desaparece | Introducción | Episodio 9, al vencer a Dimitri en el despacho del jefe en la pagoda. |
| 03 | Un Londres diferente | Episodio 1 | Episodio 1 al leer el periódico. Se actualiza en el episodio 12 al hablar con Celeste en Thames Arms. |
| 04 | Los habitantes asustados | Episodio 1 | Episodio 2, al hablar con Luke en el casino. |
| 05 | Luke del futuro | Episodio 1 | Episodio 2, al encontrar a Luke en el casino. Se actualiza en el epílogo después de completar el puzle 130. |
| 06 | Individuos sospechosos | Episodio 1 | Episodio 2, al hablar con Luke en el casino. |
| 07 | El Layton malvado | Episodio 2 | Episodio 9, al llegar al despacho del jefe en la pagoda. |
| 08 | El Dr. Stahngun | Episodio 2 | Episodio 9, al llegar al despacho del jefe en la pagoda. |
| 09 | La mujer misteriosa | Episodio 3 | Episodio 11, después de huir de los matones al llegar al laboratorio. Se actualiza en el epílogo después de completar el puzle 130. |
| 10 | Los hombres de las batas | Episodio 3 | Episodio 10, cuando llegas al túnel subterráneo. |