Tipos de aliados
Los aliados pueden ser de varios tipos y cada tipo es más fuerte sobre alguno pero más débil sobre otro. Hay cinco tipos: madera, fuego, agua, luz y oscuridad.
Los aliados pueden ser de varios tipos y cada tipo es más fuerte sobre alguno pero más débil sobre otro. Hay cinco tipos: madera, fuego, agua, luz y oscuridad. La madera gana al agua, esta al fuego y este a la madera. La luz y la oscuridad se neutralizan mutuamente. A diferencia de Puzzle & Dragons Z, aquí hay aliados que poseen dos tipos al mismo tiempo, no serán tan poderosos en cada uno, pero te dará más posibilidades de configurar tus equipos.


Añadir aliados
En esta versión de Puzzle & Dragons, irás consiguiendo aliados según te enfrentes a los enemigos. Al derrotarles puede que te dejen una caja que, al abrirse al final de la fase, contiene al aliado y pasará a estar en tu equipo. Se diferencia en el Puzzle & Dragons Z en que aquí no hay huevos que eclosionar, recibirás a tu aliado según los consigas.

Mejorar aliados
A diferencia de Puzzle & Dragons Z, aquí no hay huevos que puedas usar para mejorar a tus aliados. En cambio, podrás hacerlo sacrificando a alguno de los aliados que no uses. Usando la opción de Mejorar estadísticas de la casa de Toad, puedes lograr que la fuerza de un aliado pase a otro (el primero desaparecerá y el segundo subirá de nivel y mejorará sus estadísticas).


Transformar
En Puzzle & Dragons: Super Mario Bros. no puedes hacer que tus aliados evolucionen como los monstruos de Puzzle & Dragons Z, pero podrás transformarlos en otros aliados más potentes (que realmente viene a ser lo mismo). Al transformar un aliado pierdes las mejoras que hubieras conseguido en sus habilidades. Así que lo mejor es que no mejores las habilidades de ningún aliado hasta que los hayas transformado en la forma final que te interese. Para transformar aliados necesitas usar la máquina de transformar que está en la casa de Toad y debes haber conseguido unos objetos determinados para cada aliado.

Mejorar habilidades y despertar las habilidades latentes
Los aliados además de mejorar sus estadísticas y transformarse en otros mejores, también pueden mejorar sus habilidades. A diferencia que en Puzzle & Dragons Z, las habilidades no se activan cuantos más combos realices, sino que necesitan un número determinado de turnos para lograrlo. Mejorando tus habilidades podrás conseguir que ese número de turnos baje.

Hay habilidades especiales que están bloqueadas al inicio y a las que debes "despertar". Estas habilidades no se usan por turnos como las normales, sino que una vez desbloqueadas se ponen en marcha automáticamente en cada turno. Estas habilidades especiales son las habilidades latentes (son el equivalente a las habilidades de líder de los aliados líderes). Para activarlas tienes que ir a la casa de Toad después de completar el mundo 6 y debes haber conseguido gemas estelares. Estos objetos podrás conseguirlos aleatoriamente en las fases de los mundos o en la Tómbola ? después de completar el mundo 8.


Configurar equipos
Puedes crear varios equipos con distintas configuraciones (aunque repitiendo aliados entre equipos si quieres) y seleccionarlos antes de empezar cada fase. Así podrás tener equipos preparados que sean más fuertes en un tipo, o más defensivos, etc.
