Los personajes que son líderes tienen una habilidad de líder que siempre está presente sin necesidad de que tengas que usarla, como sí ocurre las habilidades normales. El resto de aliados que no son líderes, pueden tener una habilidad latente (una habilidad que tampoco se usa sino que siempre está presente), pero debes lograr despertarla primero. Para ello necesitas entrar en el apartado Despertar de la casa de Toad después de haber completado el mundo 6. Además, tendrás que tener gemas estelares para poderlo hacer. Estos objetos podrás conseguirlos aleatoriamente en las fases de los mundos o en la Tombola ? después de completar el mundo 8.


| Habilidad | Efecto |
| Apoyo de Toad amarillo | Aumenta el ataque, la curación y la salud de los aliados de luz. |
| Apoyo de Toad azul | Aumenta el ataque, la curación y la salud de los aliados de agua. |
| Apoyo de Toad morado | Aumenta el ataque, la curación y la salud de los aliados de oscuridad. |
| Apoyo de Toad rojo | Aumenta el ataque, la curación y la salud de los aliados de fuego. |
| Apoyo de Toad verde | Aumenta el ataque, la curación y la salud de los aliados de madera. |
| Armonía de campana | Aumenta un 450% el ataque al usar cinco elementos a la vez. |
| Aura de princesa | Triplica el ataque si conservas la mitad o más de los PS. |
| Aura de cola | Aumenta un 50% el ataque y la salud de los aliados de madera. |
| Aura de fuego | Aumenta un 50% el ataque y la salud de los aliados de fuego. |
| Aura de hielo | Aumenta un 50% el ataque y la salud de los aliados de agua. |
| Aura de Luigi | Aumenta un poco el ataque de tu equipo al hacer dos combos o mas. |
| Aura fantasma | Aumenta un 150% los ataques que usen tres o más elementos. |
| Autocuración | Recupera puntos de salud en cada turno en el que elimines esferas. |
| Ballet gélido | Duplica el ataque y la salud de los aliados de agua. |
| Barrera antibloqueo | Anula el efecto de los bloqueos, pero solo a veces. |
| Barrera anticeguera | Anula el efecto de la ceguera, pero solo a veces. |
| Barrera antiveneno | Anula el efecto del envenenamiento, pero solo a veces. |
| Bellota milagrosa | Duplica el ataque y la salud de los aliados de madera. |
| Brillo de estrella | Multiplica por 5,5 el ataque al usar cinco elementos a la vez. |
| Cadena destructiva | |
| Combo de Mario | Aumenta un poco el ataque de tu equipo al hacer dos combos o más. |
| Control de esferas avanzado | Aumenta un poco el tiempo que tienes para mover las esferas. |
| Curación extra | Aumenta el efecto de los corazones cuando los eliminas. |
| Danza gélida | Duplica el ataque y la curación de los aliados de agua. |
| Fulgor de estrella | Aumenta un 250% el ataque al usar cuatro elementos a la vez. |
| Golpe apícola | Duplica el ataque y la curación de los aliados de fuego. |
| Impulso de Luigi | Aumenta un 250% los ataques que usen cuatro o más elementos. |
| Impulso de Mario | Triplica el ataque si conservas la mitad o más de los PS. |
| Llama de la venganza | |
| Paso apícola | Duplica el y la salud de los aliados de fuego. |
| Poder de alianza - Agua | Cuadruplica el ataque al usar a la vez agua, madera, luz y oscuridad. |
| Poder de alianza - Fuego | Cuadruplica el ataque al usar a la vez fuego, madera, luz y oscuridad. |
| Poder de alianza - Luz | Cuadruplica el ataque al usar a la vez fuego, agua, madera y luz. |
| Poder de alianza - Madera | Cuadruplica el ataque al usar a la vez fuego, agua, madera y oscuridad. |
| Poder de alianza - Oscuridad | Cuadruplica el ataque al usar a la vez fuego, agua, luz y oscuridad. |
| Poder de amistad - Agua | Triplica el ataque al usar a la vez agua, oscuridad y luz. |
| Poder de amistad - Fuego | Triplica el ataque al usar a la vez fuego, madera y luz. |
| Poder de amistad - Luz | Triplica el ataque al usar a la vez agua, madera y luz. |
| Poder de amistad - Madera | Triplica el ataque al usar a la vez fuego, madera y oscuridad. |
| Poder de amistad - Oscuridad | Triplica el ataque al usar a la vez fuego, agua y oscuridad. |
| Poder de bellota | Duplica el ataque y la curación de los aliados de madera. |
| Poder de Bowser | Aumenta un 250% el ataque de tu equipo al hacer seis combos o más. |
| Poder de princesa | |
| Poder de cola | Aumenta un 50% el ataque y la curación de los aliados de madera. |
| Poder de fuego | Aumenta un 50% el ataque y la curación de los aliados de fuego. |
| Poder de hielo | Aumenta un 50% el ataque y la curacion de loa aliados de agua. |
| Poder fantasma | Aumenta un 150% los ataques que usen tres o más elementos. |
| Ritmo de campana | Aumenta un 250% el ataque de tu equipo al hacer seis combos o más. |
| Superataque | Aumenta el ataque de los miembros de tu equipo. |
| Superaura | Aumenta el ataque de tu equipo al hacer tres combos o más. |
| Superhabilidad | Reduce un poco el número de turnos necesarios para usar tus habilidades. |
| Superpoder | Aumenta el ataque de tu equipo al hacer tres combos o más. |
| Supervitalidad | Aumenta los puntos de salud de todos los miembros de tu equipo. |