Alter Ganon es un enemigo que tendrá un total de tres trasformaciones.
1. ª Marioneta.
Forma de Atacarte: Te ataca con sus puños y te lanza murciélagos.
Forma de Eliminarle: Primero utiliza el Bumerán para cortar todas las cuerdas de las que cuelga el enemigo.
Una vez hayas cortado todas las cuerdas deberás lanzar una Flecha de luz a la bola azul que tiene en su cola.
Repite todo este proceso varias veces y así terminarás con él y harás que se transforme en una especie de araña.
2. ª Araña.
Forma de Atacarte: Intenta caer encima de ti y te lanza murciélagos.
Forma de Eliminarle: Tienes que volver a lanzar Flechas de luz hacia la bola azul que tiene en su cola.
Para saber cuando va a caer y donde va a estar la bola azul deberás colocar la cámara lo más lejos posible y fijarte en el reflejo del agua que hay en el suelo.
Repite este proceso varias veces y así terminarás con él y harás que se transforme en una especie de gusano.
3. ª Gusano.
Forma de Atacarte: Te persigue por toda la pantalla y te lanza unos pequeños enemigos (bolas con pinchos).
Forma de Eliminarle: Tienes que volver a lanzarle Flechas de luz hacia la bola azul de su cola, aunque esta vez será más complicado debido a que el enemigo no parará de moverse.
Repite este proceso varias veces y así lograrás terminar definitivamente con él.