Además del apartado gráfico (alta definición, mejora de texturas y tasa de fotogramas), existen más diferencias entre esta versión de Wii U y la que salió en su día para Wii. Las principales son las siguientes.


- Control. Usa la pantalla táctil del Wii U GamePad para equiparte con objetos y consultar los mapas sin tener que pausar el juego. Da en el blanco con el arco del héroe o la zarpa usando los intuitivos controles por movimiento, controla la cámara a tu antojo con
y disfruta de toda la acción en una sola pantalla gracias al juego sin televisión.


- Jugabilidad. Esta versión utiliza la orientación original de la versión de GameCube, por lo que Link manejará la espada con la mano izquierda (en Wii era diestro). Eso supondrá que en lo que era este y derecha en la versión de Wii, en Wiiu U será oeste e izquierda.
Los objetos del inventario ahora pueden ser equipados en los botones
,
o
, mientras que
llama a Midna. Además, cuando hayas avanzando lo suficiente, aparecerá un icono en el inventario para cambiar tu aspecto de lobo a humano y viceversa sin tener que hablar con Midna.


- Elementos mejorados. El título original ha sido revisado y afinado para mejorar la experiencia de juego. Entre otras novedades, los jugadores pueden usar el nuevo candil espectral para encontrar espectros ocultos con mayor facilidad. Además, cuando tengas que encontrar unas gotas de rocío de luz en las regiones de Farone, Eldin y Lanayru, solamente deberás buscar 12 en lugar de las 16 originales.


- amiibo. Cuando la batalla te deje agotado, los amiibo podrán salir en tu ayuda. Desbloquea un reto exclusivo de The Legend of Zelda: Twilight Princess HD usando el amiibo de Link Lobo u otros amiibo compatibles.

- Sellos. ¡Comparte tus aventuras en Miiverse! ¡Hay 50 sellos únicos repartidos por todo Hyrule esperando ser descubiertos!


- Modo Héroe. Pon tus habilidades a prueba con el modo Héroe, disponible desde el principio del juego. En esta versión reflejo de Hyrule, los enemigos infligirán el doble de daños ¡y los corazones serán mucho más escasos!

- Otros cambios. Las praderas de Hyrule pasan a llamarse llanuras de Hyrule, y se ha mejorado el manejo cuando montas en Epona o nadas por el agua. Además, todas las bolsas donde guardar rupias aumentan su capacidad: 300>500, 600>1000 y 1000>2000.