Durante la aventura encontrarás unos agujeros que puedes rellenar con confeti para repararlos (pulsando
). Eso te hará ganar monedas y puede que te permitirán alcanzar lugares inacesibles de otro modo. Además, si consigues reparar todos los agujeros de una misma zona, desbloquearás "músicas" en el Museo Champignon de Villa Toad.


Hay un total de 349 agujeros a lo largo del juego repartidos en las cinco zonas principales.
| Serpentina roja (96) | |||
| Bosque de los Murmullos | 25 | Monte Bellavista | 19 |
| Villa Toad | 16 | Templo de la Tierra | 11 |
| Alcantarillado Grafiteado | 5 | Torre Bellavista | 3 |
| Camino de la Primavera | 17 | ||
| Serpentina azul (71) | |||
| Monte del Otoño | 18 | Parque Samurái | 21 |
| Valle de los Castaños | 12 | Laberinto ninja | 2 |
| Santuario del Agua | 10 | Gran Teatro Imperial | 0 |
| Río Revuelto | 8 | ||
| Serpentina amarilla (89) | |||
| Gran Cañón de Cartulina | 6 | Cueva del Fuego | 10 |
| Princesa Peach | 20 | Desierto de la Izquierda | 5 |
| Túnel del Fresco | 0 | Desierto de la Derecha | 5 |
| Gran Desierto de Lija | 12 | Desierto de Más a la Izquierda | 2 |
| Desierto Menor de Lija | 0 | Desierto de Más a la Derecha | 2 |
| Ciudad Champi | 6 | Templo Champi | 21 |
| Serpentina morada (58) | |||
| Océano Eterno | 0 | Isla Diamante | 0 |
| Isla Calavera | 5 | Monte del Hielo | 19 |
| Isla Corazón | 5 | Torre Oceánica | 18 |
| Isla Trébol | 1 | Isla Martillo | 0 |
| Isla Pica | 1 | Islote ? | 6 |
| Isla Plenilunio | 3 | Isla Cuadrilátero | 0 |
| Isla Champiñón | 0 | ||
| Serpentina verde (35) | |||
| Sparaíso | 5 | Castillo de Bowser | 16 |
| Fuente de la Espesura | 11 | Cráter de la Sauna | 0 |
| Fuente del Arcoíris | 3 | Castillo de Origami | 0 |