En este modo de juego, podrás jugar uno de los días del modo historia con el fin de mejorar la puntuación.

Al inicio aparecerá una pantalla donde elegirás el día en el que vas a jugar, el nivel de dificultad y el personaje que vas a manejar.

- Capítulo: Podrás elegir cualquiera de los días que compone el modo historia. Día 1, 2, 2 Ayane, 3, 4, 5, 6, 6 Ayane, 7 u 8.
- Nivel de dificultad: Al inicio solo aparecerán los niveles Normal y Difícil, y más adelante aparecerán dos niveles más, Maestro Ninja y Ninja Supremo.
- Personaje: Momiji - Kasumi - Hayabusa - Ayane. Al principio, tras realizar la actualización del juego, solo aparecerán Momiji y Kasumi, pero cuando termines el modo historia, podrás elegir a Hayabusa y a Ayane cuando selecciones un capítulo en nivel de dificultad normal.
- Traje: Dependiendo del personaje que elijas, podrás cambiarle el traje o no, además.
Momiji y Kasumi tienen un solo traje. Hayabusa y Ayane tendrás tres trajes cada uno, el inicial y dos más que se desbloquearán al conseguir ciertos objetos en el modo historia.
Los trajes que puedes elegir son los siguientes:
| Momiji | Flor negra oculta |
| Kasumi | Sakura nocturna (cuando eliges a Kasumi puedes ponerte tres tipos de corte de pelo diferentes pulsando el botón "X") |
| Hayabusa | El halcón negro legendario (traje inicial) Traje musculoso de dragón (al conseguir los 50 escarabajos dorados). Hayabusa demonio (al entrar en los retos de las 10 calaveras de cristal) |
| Ayane | Mariposa nocturna - Flor de Miyama - Dios furioso Nueve de violeta |
Si pulsas el botón "Y" en la pantalla del menú, podrás ver los 100 mejores jugadores a nivel mundial de cada nivel de dificultad.

Cuando estés viendo uno de los listados, podrás posicionarte sobe cualquier jugador y pulsar el botón "A" para ver sus récords.

Cuando completas uno de los días, aparecerá la pantalla con la puntuación que has conseguido y seguidamente aparecerá un menú en el que te pregunta si quieres volver a jugar ese capítulo, si quieres elegir otro o si quieres volver a menú principal.

Al completar uno de los días, la puntuación que hayas conseguido se subirá automáticamente a internet para que lo puedan ver el resto de jugadores (solo aparecerás en la lista si eres unos de los cien mejores).
