Una vez que has derrotado a los cuatro grandes enemigos finales de cada templo, ve a Ciudad Reloj y espera que se abran las puertas de la torre al tercer día. Podrás entrar en ella escalando por un lateral de la torre (no necesitas usar la flor deku para subir a la entrada siendo Link). Es aconsejable que antes de que se abran las puertas vayas a recoger pequeñas hadas para guardarlas en tus botellas vacías o pociones de energía, ya que la batalla final puede resultar muy dura.
Cuando estés en el interior de la torre te volverás a encontrar con Skull Kid y tendrás que tocar la Oda al Orden. Al hacerlo verás una "intro" en la que los cuatro gigantes paran el descenso de la luna. Después la Máscara de Majora se desprende de Skull Kid y se va volando a ella. A continuación, también verás como Link va detrás. Así es como llegas a la Luna.
Conseguir la máscara de la fiera deidad
Ahora aparecerás en un hermoso campo. Solo verás un inmenso e iluminado prado con un árbol al fondo. Ve hacia él y allí encontrarás un pedestal para grabar la partida y a cinco niños con máscaras a su alrededor. Uno de ellos está sentado junto al tronco mientras que los otros cuatro están correteando. Si hablas con estos últimos podrás conseguir la máscara de la Fiera Deidad con lo que te será mucho más sencillo derrotar a la máscara de Majora debido al inmeso poder que te otorga. Sin embargo, para poder conseguirla, necesitas tener en este momento las otras 23 máscaras, ya que cada niño te pedirá un número de ellas para poder entrar en unos pruebas y después otras para poder salir de ellas una vez completadas. En caso de consigas superar las 4 pruebas de los niños, la máscara de la Fiera Deidad te la dará el niño que está sentado cuando hables con él
Derrotar a la máscara de Majora
En cambio, si hablas con el único niño que está sentado último (su máscara es la de Majora) y respondes que "Sí" a las preguntas que te haga pasarás a luchar contra el enemigo final del juego: La Máscara de Majora.
Ten en cuenta que si el enfrentamiento final lo realizas con la máscara de la Fiera Deidad será mucho más sencillo y no necesitarás más que tu espada para derrotar a tus enemigos fácil y rápidamente.
Si no tienes la máscara de la Fiera Deidad (o no quieres usarla) el enfrentamientos erá mucho más duro.
El combate se desarrolla en tres grandes enfrentamientos diferenciados
Primer enfrentamiento: Máscara de Majora.
La Máscara vuela por toda la sala y de vez en cuando se lanzará hacia ti. Cuando esto ocurra puedes cubrirte con tu escudo, aunque así no podrás atacarle con facilidad como ahora explicaremos. Para derrotarle debes lograr acertarle en el aire para hacerle caer y una vez en el suelo, golpearle con la espada.
Hay varias formas de dañarle en el aire, la más sencilla es usar el arco y flechas cuando veas que está volando de espaldas (la parte frontal de la máscara no puedes atravesarla con ellas), ya que así podrás cubrirte con tu escudo cuando sea necesario. Sin embargo, enseguida te quedarás sin flechas y es mejor que las guardes para los siguientes enfrentamientos (hay unas vasijas que te dan flechas y magia, pero en esta ocasión no se regeneran y solo te servirán una vez). Otra forma es usar los bumeranes de zora, es sencillo golpearle con ellos y hacerle caer, pero así no podrás cubrirte con tu escudo. La última forma, que puede parecer la más complicada es realmente la más sencilla y efectiva. Usa como deku los pequeños agujeros de la sala para esperar dentro de ellos. Cuando la máscara se lance a por ti y pase por encima, debes saltar y conseguirás golpearle sin recibir tú ningún daño. Mientras estás dentro de los agujeros él no te podrá atacar, así que es la mejor manera de comenzar el enfrentamiento contra la máscara.
Después de unos impactos, las máscaras de los cuatro templos se desprenderán de la pared. Ahora tendrás que cambiar tu táctica, ya que la máscara comenzará a disparar un rayo y las máscaras no dejarán de atacarte con disparos. Ahora lo mejor es que luches como Link, usa tus flechas para acabar lo más rápido posible con las cuatro máscaras y cúbrete con tu escudo para reflejar los diparos y sobre todo el rayo e incluso dañarle con él. Si derrotas a las cuatro máscaras rápidamente, podrás concentrarte en reflejar el rayo contra la máscara de Majora. Ten en cuenta que cada vez que derrotes a una máscara te dejará corazones, aprovecha para recuperar energía con cada una de ellas. También podrás dañar a la máscara de Majora de la misma forma que al principio (flechas, bumeranes o flores deku) si te resulta más cómodo. Unos cuantos golpes y conseguirás derrotarla.
Segundo enfrentamiento: Encarnación de Majora.
A la Máscara de Majora le saldrán extremidades y empezará a correr muy rápido por toda la sala. Tendrás que lanzar flechas desde lejos (como Link) para hacerle caer y después o golpearle con la espada desde cerca. No es aconsejable que uses aquí a zora, ya que necesitas cubrirte cada poco espacio de tiempo de unas bolas que lanza. Sin embargo, si no tienes flechas o quieres guardarlas, puedes usar los bumeranes. Solo debes estar atento para esquivar sus ataques y atacar tú solamente cuando se quede bailando.
Tercer enfrentamiento: Mago de Majora.
La Máscara de Majora reforzará sus patas y brazos y le aparecerá una cabeza. Te atacará con dos largos látigos que abarcan prácticamente toda la sala y de los que es muy difícil escapar. Por esta razón te resultará muy complicado poder acercarte a él para golpearle. La mejor forma de atacarle es usar las flechas para paralizarle (mejor si son de luz) y acercarte rápidamente para golpearle con tu espada (la espada del Gran Hada es más fuerte y poderosa, por lo tanto, causa más daño). De los látigos puedes cubrirte con el escudo, así que mantente como Link y dispara las flechas solo después de que él haya atacado con sus latigazos.
Después de unos impactos, además de latigazos, el enemigo te atrapará y te lanzará por los aires. De este ataque no puedes cubrirte con el escudo, sin embargo, sí puedes mover rápidamente el mando de control para soltarte y lograr que no te lance. Además, si cuando estás agarrado te encuentras con la máscara de zora puesta, podrás usar una descarga eléctrica para dañar al enemigo (con el botón R).
Sigue atacándole del mismo modo hasta que cambie su ataque. Si te quedas sin magia o flechas recuerda que tienes en la sala unas pocas vasijas, y sin te quedas sin nada, siempre puedes intentar volar como deku y lanzarle nueces explosivas desde el aire (aunque es complicado porque sus látigos llegan a cualquier parte).
Por último, lanzará unas peonzas con pinchos (y explosivas) rodando por la sala. Es fácil esquivarlas y cubrirte de ella con tu escudo, sin embargo, sí te entorpecerán para poder golpearle. Si todavía tienes flechas puedes seguir usándolas, pero si no es así (que es lo más normal) ahora podrás acercarte a él cubriéndote (ya que usa los látigos menos que antes) y golpearle cuando estés cerca con tu espada. Aún así debes ser rápido, porque estando junto a él te puede dar una patada para alejarte (de nuevo es recomendable usar la espada del Gran Hada en vez de la normal).
Si consigues dañarle varias veces así, acabarás definitivamente con él y verás el final del juego. Después aparecerás al principio del primer día y podrás realizar las tareas que te hayan quedado pendientes, como encontrar todas las máscaras, las piezas de corazón, ayudar a la gente, completar el cuaderno de los bomber, etc.